39歳、伝説の殺し屋・⼤狼⼗三は、あるとき、謎の蜂型⽣物兵器に刺され、気を失ってしまう。所属する暗殺組織 Z.O.O.の研究室で⽬を覚ました彼は、⾃分が中学⽣の姿になっていると知り驚愕。そんな⼗三に組織が与えた任務――それは、中学校の内部調査だった。渋々中学に通う⼗三だったが、意外にも勉強の楽しさに⽬覚めていく。そんなある⽇、学校に不審者が乱⼊する……!
十三を刺した蜂はミツオカ製薬が作ったもので、十三と同じクラスに同社トップの娘・蜜岡ノレンが通っていることが判明する。容姿端麗・頭脳明晰・スポーツ万能で近寄りがたい雰囲気を漂わせるノレン。彼女との接点ができれば元の体に戻る情報が得られるかもしれないと考えた十三は、ノレンがラーメン屋でバイトをしていることを知り、ほんの少し彼女との距離を縮めることに成功する。だがその矢先、ノレンが何者かにさらわれてしまい…。
学校の勉強に置いていかれ気味の十三は、同じクラスの白石遼と知り合い、勉強を教えてもらうことに。 さらに遼の姉・千里が部長を務める家庭科部に入部。時を同じくしてノレンもラーメン作りの役に立てばと家庭科部に入部。 そんななか、驚きのニュースが飛び込んでくる。なんとミツオカ製薬がノレンの婚約者に会社を継がせると発表したのだ。 男子生徒たちに次々と言い寄られ困惑したノレンは、まさかの発言をする...!!
レンと付き合っているフリをすることになり、戸惑い気味の十三。そんななか、ミツオカ製薬の研究と新薬を狙って、暗殺業界2番手の中華系組織ユイガンが動き出す。中学生暗殺者・古波鮫シンがノレンの婚約者になるべく転校してきたのだ。ノレンの「彼氏」である十三に決闘を申し込むシン。十三とシンの戦いの火蓋が切られる!
十三たちは家庭科部の活動で野球部におにぎりを差し入れることになり、エリートが集まる幻獣組ユニコーンの天童天馬と出会う。野球、サッカー、バスケ、その全てでエースとして活躍し、「三刀流の超人」になると宣言する不敵な天馬。彼は「目障りだから」という理由で十三にフットサル勝負を挑んでくる。家庭科部を「あってもなくてもいいようなお遊び部」とバカにされた十三は、天馬の勝負を受けて立つことに...。
十三と天馬のフットサル対決が始まった。 驚異の身体能力で十三、シン、鬼頭の家庭科部チームを圧倒する天馬。 十三をただ者ではないと見破った天馬はハンデをやめて本気を出す。 天馬の圧倒的なプレーに十三たちはくらいつこうとするのだがーー。 果たして、勝負の行方は...!?
