グリアン軍によって監視が続くクラスターE.A.は、その不穏な空気から、生徒たちの間にも動揺が広がっていた。そんな学園にアゲートとクロムが姿を現す。久しぶりの再会を喜ぶフォン。だが学園には、退学処分を受けたアゲートと人造兵であるクロムの居場所はない。ベリルは行き場のない二人を保護しようとするが……。
