ハンドメイドの飛行機と一緒に汽車に乗って、名門校「クラスターＥ.Ａ.」に向かう転入生の少年アゲートは、同じ汽車に偶然乗り合わせていた学園の優等生で名門ジャスパー家の子息ベリルと出会う。そんな中、人造兵擁護派の青年カールスが乗る飛行機とグリアン共和国軍との交戦が起こり、汽車は足止めをくうが……。
